El juez Hernández Peguero se desempeña desde el año 2012 desempeña la función de juez del Tribunal Superior Electoral, designado por el Consejo Nacional de la Magistratura, en donde además de sus labores habituales es coautor, junto a la magistrada Mabel Féliz Báez, del Reglamento Administrativo y de la Digitalización del Proceso de Rectificación de Actas del Estado Civil. Ha participado como observador electoral de los comicios celebrados en Argentina, Chile, Colombia, Panamá, Ecuador, Costa Rica, Guatemala y Venezuela.